ارائه ابزاری به نام BEST برای تجزیه و تحلیل الگوی بیان ژن سلولهای مغز

بینظمی در الگوهای بیان ژن در چندین اختلال روانی گزارش شده است. تحقیقات مکانیسم مولکولی روانپزشکی به دلیل دشوار بودن گرفتن نمونه، به اطلاعاتی از تحقیقات ژنتیک متکی است. با استفاده از دادههای مرجع از مطالعات بیان ژن سلولهای مغز، آنالیز جامعی روی الگوهای بیان ژن در نتایج ژنتیکی روانپزشکی انجام شده است.
این الگوی بیان مکانی- زمانی، شواهدی در بعضی از مناطق مغز ارائه میدهد. این الگو نشان دهندهٔ مراحل رشد و مسیرهای مولکولی است که احتمالاً در آسیب روانی درگیر هستند.
در حال حاضر، ابزار آنلاینی برای تجزیه و تحلیل سیستماتیک این گونه از دادهها وجود ندارد، که مانع استفاده از آنالیز دادهها توسط محققان غیر انفورماتیک مانند زیست شناسان آزمایشگاهی و زیستشناسان مولکولی بالینی میشود. در این مقاله یک وب سرور جهت تجزیه و تحلیل الگوی بیان ژن سلولهای مغز در سطح زمان-مکان توسعه داده شده است.
سه ویژگی برجسته برای BEST ذکر شده است:
- تصویرسازی: BEST نتایج بصری کاربر پسند ایجاد می کند که به آسانی قابل تفسیر است، از جمله نقشههای گرمایی، نمودارهای ون، شبکههای همبیانی ژن. این نتایج الگوهای پیچیدهٔ بیان مکانی و زمانی از جمله کمیت بیان و همبستگی بین ژن را نشان میدهد.
- ادغام: BEST دادههایش را با دادههای موجود در پایگاه دادهها ادغام میکند و الگوهای جامع بیان مکانی- زمانی مغزی انسان را فراهم میکند.
- چند بعدی: ژنهای ورودی را به عنوان یک مجموعهٔ کامل و چندین زیرمجموعه (خوشه) که مطابق با الگوهای بیان ژن غنی شدهاند، تجزیه و تحلیل میکند و همچنین ارتباط بین دادههای ژنتیکی و بیان ژن را نشان میدهد.
این تحقیقات کمک میکند تا ارتباطی بین مطالعات ژنتیکی و مکانیسم بیماری پیدا شود، ایجاد سرنخهایی برای شناسایی ژنهای کلیدی و سیستم مولکولی فراهم میکند و تجزیه و تحلیل مربوط به منطقهٔ حساس به بیماری در مغز و مرحلهٔ بیماری را پشتیبانی میکند.
منبع: bmcbioinformatics

درباره مریم رفیعی پور
فارغ التحصیل کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تربیت مدرس
نوشتههای بیشتر از مریم رفیعی پور
دیدگاهتان را بنویسید
برای نوشتن دیدگاه باید وارد بشوید.