جستجو برای:
سبد خرید 0
  • صفحه اصلی
  • کدکول اپلای
    • صفر تا صد اپلای
    • موقعیت های تحصیلی
    • موقعیت های شغلی
  • آکادمی کدکول
    • معرفی بیوانفورماتیک
    • زیست شناسی محاسباتی
    • بیوانفورماتیک ساختاری
    • وبینارها
    • معرفی کتاب
    • همکاران کدکول
  • خدمات
  • رویدادها
  • تازه های بیوانفورماتیکی
    • مقالات علمی
    • سوژه های برگزیده
    • اینفوگرافی
    • پادکست
      • پادکست ویدیویی
      • پادکست صوتی
  • درباره ما
    • معرفی کدکول
    • اعضا فعلی گروه
    • جشن دو سالگی کدکول
  • تماس با ما
    • تهران -پاسداران خیابان بوستان هشتم پلاک 120 واحد 14

      09308877635

      info@codecool.ir

      پیج اینستاگرام
      کانال تلگرام
      صفحه لینکدین
گروه زیست داده کاو کدکول
  • صفحه اصلی
  • کدکول اپلای
    • صفر تا صد اپلای
    • موقعیت های تحصیلی
    • موقعیت های شغلی
  • آکادمی کدکول
    • معرفی بیوانفورماتیک
    • زیست شناسی محاسباتی
    • بیوانفورماتیک ساختاری
    • وبینارها
    • معرفی کتاب
    • همکاران کدکول
  • خدمات
  • رویدادها
  • تازه های بیوانفورماتیکی
    • مقالات علمی
    • سوژه های برگزیده
    • اینفوگرافی
    • پادکست
      • پادکست ویدیویی
      • پادکست صوتی
  • درباره ما
    • معرفی کدکول
    • اعضا فعلی گروه
    • جشن دو سالگی کدکول
  • تماس با ما
    • تهران -پاسداران خیابان بوستان هشتم پلاک 120 واحد 14

      09308877635

      info@codecool.ir

      پیج اینستاگرام
      کانال تلگرام
      صفحه لینکدین
ورود / عضویت
0

وبلاگ

گروه زیست داده کاو کدکولاخبارتازه های بیوانفورماتیکیمقالات علمیتشخیص محاسباتی پپتیدهای ضد رگزایی با استفاد از پکیج AntAngioCOOL

تشخیص محاسباتی پپتیدهای ضد رگزایی با استفاد از پکیج AntAngioCOOL

10 تیر 1401
ارسال شده توسط علیرضا دوست محمدی
مقالات علمی

آنژیوژنز(Angiogenesis) فرایند رگزایی از عروق موجود برای تهیه مواد مغذی و مسیر دفع سموم است و نقش اساسی در رشد و نمو دارد. این فرآیند در هنگام تشکیل تومور های سرطانی می تواند نقش مهمی در پیشرفت سرطان ایفا کند و موجب گشترش تومور و تبدیل تومور خوش خیم به بدخیم شود.

شناسایی پپتیدهای ضد آنژیوژنز برای مهار فرایند رگ زایی در طی سال های اخیر نظر محققان زیادی در حوزه سرطان را به خود جلب کرده است با این حال مطالعات بسیار نادری در تشخیص محاسباتی این پپتیدها انجام شده است.

در این مقاله یک پکیج R کارآمد مبتنی بر یادگیری ماشین (AntAngioCOOL) جهت تشخیص پپتیدهای آنژیوژنز پیشنهاد شده است. 

در این پژوهش بیش از 2000 ویژگی برای آموزش مدل های تشخیص پپتیدهای ضد رگ زایی انتخاب شدند.  این پکیج جهت پیش بینی پپتید ها از پنج ویژگی PseAAC, k-mer composition, k-mer composition (reduced alphabet) با مقدار k برابر با 2و3و4و ویژگی های Physico-chemical profile, Atomic profile استفاده میکند.  AntAngioCOOL شامل سه مدل مختلف است که می تواند توسط کاربر برای اهداف مختلف انتخاب شود. 

با توجه به نتایج به دست آمده ، AntAngioCOOL به عملکرد رضایت بخشی در پیش بینی پپتیدهای  ضد رگ زایی در یک مجموعه داده آزمایش رسیده است و می تواند در تشخیص پپتیدهای ضد رگزایی موثر باشد. این ابزار از حساسیت 88٪ و دقت 75٪  در مجموعه آزمونهای مستقل بهره مند است.

 بهAntAngioCOOL می توانید از طریق

https://cran.r-project.org/web/packages/AntAngioCOOL/index.html

 دسترسی پیدا کنید.

این پکیج در آزمایشگاه بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس توسعه داده شده است.

لینک مقاله:

https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-019-1813-7

برچسب ها: بیوانفورماتیکتوموررگ زاییزیست شناسی محاسباتیسرطان
درباره علیرضا دوست محمدی

فارغ التحصیل کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تربیت مدرس

نوشته‌های بیشتر از علیرضا دوست محمدی
قبلی ساخت مدل شبکه عصبی عمیق با الهام از الگوریتم جنگل تصادفی برای آنالیز داده های بیان ژن
بعدی آنالیز شبکه های همبستگی وزن دار با استفاده از پکیج WGCNA

دیدگاهتان را بنویسید لغو پاسخ

برای نوشتن دیدگاه باید وارد بشوید.

جستجو برای:
دسته‌ها
  • آشنایی با بیوانفورماتیک و کاربرد های آن
  • اپلای
  • ایمنی شناسی
  • بیوانفورماتیک ساختاری
  • پادکست صوتی
  • تکامل
  • چالش های علمی
  • زیست پزشکی
  • زیست شناسی سلولی
  • زیست شناسی محاسباتی
  • ژنتیک و اپی ژنتیک
  • سوژه های برگزیده
  • شبکه های زیستی
  • معرفی کتاب
  • مقالات علمی
  • موقعیت تحصیلی
  • موقعیت شغلی
  • ویدئو
برچسب‌ها
COVID-19 DNA RNA SARS-COV2 آفریقا آمار آمار زیستی آنالیز داده برنامه نویسی بیان ژن بیوانفورماتیک بیوشیمی تخیلی توالی یابی تومور تکامل جبر خطی دارو زیست شناسی زیست شناسی سامانه ای زیست شناسی محاسباتی سرطان سلول های ایمنی طراحی محاسباتی دارو علمی متابولیسم مغز مهندسی کامپیوتر میکروبیوم همه گیری هوش مصنوعی واکسن کرونا ویروس کرونا پردازش تصویر پزشکی پزشکی شخصی شده ژن ژنتیک ژنوم کدکول کرونا کووید-19 یادگیری عمیق یادگیری ماشین یووال نوح هراری
  • محبوب
  • جدید
  • دیدگاه ها

گروه زیست داده کاو کدکول، متشکل از کادري مجرب و متخصص در زمينه بيوانفورماتيک و زيست شناسي محاسباتي، رسالت خويش را آموزش و پژوهش در حوزه بيوانفورماتيک و همچنين آناليز انواع داده هاي زيستي، قرار داده است.

خبرنامه

نمادها
کلیه حقوق مادی و معنوی این اثر متعلق به گروه زیست داده کاو کدکول می باشد.
اشتراک گذاری در شبکه های اجتماعی
ارسال به ایمیل
https://codecool.ir/?p=8403
ورود به سیستم ×
کد تایید
لطفاً کد تأیید ارسال شده به آن را تایپ کنید
ارسال
رمز عبور را فراموش کرده اید؟
آیا حساب کاربری ندارید؟
ثبت نام
ارسال مجدد کد یکبار مصرف(00:120)
برگشت به صفحه ورود به سایت

ارسال مجدد کد یکبار مصرف (00:120)
برگشت به صفحه ورود به سایت
  • (+93) Afghanistan
  • (+355) Albania
  • (+213) Algeria
  • (+1) American Samoa
  • (+376) Andorra
  • (+244) Angola
  • (+1) Anguilla
  • (+1) Antigua
  • (+54) Argentina
  • (+374) Armenia
  • (+297) Aruba
  • (+61) Australia
  • (+43) Austria
  • (+994) Azerbaijan
  • (+973) Bahrain
  • (+880) Bangladesh
  • (+1) Barbados
  • (+375) Belarus
  • (+32) Belgium
  • (+501) Belize
  • (+229) Benin
  • (+1) Bermuda
  • (+975) Bhutan
  • (+591) Bolivia
  • (+599) Bonaire, Sint Eustatius and Saba
  • (+387) Bosnia and Herzegovina
  • (+267) Botswana
  • (+55) Brazil
  • (+246) British Indian Ocean Territory
  • (+1) British Virgin Islands
  • (+673) Brunei
  • (+359) Bulgaria
  • (+226) Burkina Faso
  • (+257) Burundi
  • (+855) Cambodia
  • (+237) Cameroon
  • (+1) Canada
  • (+238) Cape Verde
  • (+1) Cayman Islands
  • (+236) Central African Republic
  • (+235) Chad
  • (+56) Chile
  • (+86) China
  • (+57) Colombia
  • (+269) Comoros
  • (+682) Cook Islands
  • (+225) Côte d'Ivoire
  • (+506) Costa Rica
  • (+385) Croatia
  • (+53) Cuba
  • (+599) Curaçao
  • (+357) Cyprus
  • (+420) Czech Republic
  • (+243) Democratic Republic of the Congo
  • (+45) Denmark
  • (+253) Djibouti
  • (+1) Dominica
  • (+1) Dominican Republic
  • (+593) Ecuador
  • (+20) Egypt
  • (+503) El Salvador
  • (+240) Equatorial Guinea
  • (+291) Eritrea
  • (+372) Estonia
  • (+251) Ethiopia
  • (+500) Falkland Islands
  • (+298) Faroe Islands
  • (+691) Federated States of Micronesia
  • (+679) Fiji
  • (+358) Finland
  • (+33) France
  • (+594) French Guiana
  • (+689) French Polynesia
  • (+241) Gabon
  • (+995) Georgia
  • (+49) Germany
  • (+233) Ghana
  • (+350) Gibraltar
  • (+30) Greece
  • (+299) Greenland
  • (+1) Grenada
  • (+590) Guadeloupe
  • (+1) Guam
  • (+502) Guatemala
  • (+44) Guernsey
  • (+224) Guinea
  • (+245) Guinea-Bissau
  • (+592) Guyana
  • (+509) Haiti
  • (+504) Honduras
  • (+852) Hong Kong
  • (+36) Hungary
  • (+354) Iceland
  • (+91) India
  • (+62) Indonesia
  • (+98) Iran
  • (+964) Iraq
  • (+353) Ireland
  • (+44) Isle Of Man
  • (+972) Israel
  • (+39) Italy
  • (+1) Jamaica
  • (+81) Japan
  • (+44) Jersey
  • (+962) Jordan
  • (+7) Kazakhstan
  • (+254) Kenya
  • (+686) Kiribati
  • (+965) Kuwait
  • (+996) Kyrgyzstan
  • (+856) Laos
  • (+371) Latvia
  • (+961) Lebanon
  • (+266) Lesotho
  • (+231) Liberia
  • (+218) Libya
  • (+423) Liechtenstein
  • (+370) Lithuania
  • (+352) Luxembourg
  • (+853) Macau
  • (+389) Macedonia
  • (+261) Madagascar
  • (+265) Malawi
  • (+60) Malaysia
  • (+960) Maldives
  • (+223) Mali
  • (+356) Malta
  • (+692) Marshall Islands
  • (+596) Martinique
  • (+222) Mauritania
  • (+230) Mauritius
  • (+262) Mayotte
  • (+52) Mexico
  • (+373) Moldova
  • (+377) Monaco
  • (+976) Mongolia
  • (+382) Montenegro
  • (+1) Montserrat
  • (+212) Morocco
  • (+258) Mozambique
  • (+95) Myanmar
  • (+264) Namibia
  • (+674) Nauru
  • (+977) Nepal
  • (+31) Netherlands
  • (+687) New Caledonia
  • (+64) New Zealand
  • (+505) Nicaragua
  • (+227) Niger
  • (+234) Nigeria
  • (+683) Niue
  • (+672) Norfolk Island
  • (+850) North Korea
  • (+1) Northern Mariana Islands
  • (+47) Norway
  • (+968) Oman
  • (+92) Pakistan
  • (+680) Palau
  • (+970) Palestine
  • (+507) Panama
  • (+675) Papua New Guinea
  • (+595) Paraguay
  • (+51) Peru
  • (+63) Philippines
  • (+48) Poland
  • (+351) Portugal
  • (+1) Puerto Rico
  • (+974) Qatar
  • (+242) Republic of the Congo
  • (+40) Romania
  • (+262) Runion
  • (+7) Russia
  • (+250) Rwanda
  • (+290) Saint Helena
  • (+1) Saint Kitts and Nevis
  • (+508) Saint Pierre and Miquelon
  • (+1) Saint Vincent and the Grenadines
  • (+685) Samoa
  • (+378) San Marino
  • (+239) Sao Tome and Principe
  • (+966) Saudi Arabia
  • (+221) Senegal
  • (+381) Serbia
  • (+248) Seychelles
  • (+232) Sierra Leone
  • (+65) Singapore
  • (+1) Sint Maarten
  • (+421) Slovakia
  • (+386) Slovenia
  • (+677) Solomon Islands
  • (+252) Somalia
  • (+27) South Africa
  • (+82) South Korea
  • (+211) South Sudan
  • (+34) Spain
  • (+94) Sri Lanka
  • (+1) St. Lucia
  • (+249) Sudan
  • (+597) Suriname
  • (+268) Swaziland
  • (+46) Sweden
  • (+41) Switzerland
  • (+963) Syria
  • (+886) Taiwan
  • (+992) Tajikistan
  • (+255) Tanzania
  • (+66) Thailand
  • (+1) The Bahamas
  • (+220) The Gambia
  • (+670) Timor-Leste
  • (+228) Togo
  • (+690) Tokelau
  • (+676) Tonga
  • (+1) Trinidad and Tobago
  • (+216) Tunisia
  • (+90) Turkey
  • (+993) Turkmenistan
  • (+1) Turks and Caicos Islands
  • (+688) Tuvalu
  • (+1) U.S. Virgin Islands
  • (+256) Uganda
  • (+380) Ukraine
  • (+971) United Arab Emirates
  • (+44) United Kingdom
  • (+1) United States
  • (+598) Uruguay
  • (+998) Uzbekistan
  • (+678) Vanuatu
  • (+58) Venezuela
  • (+84) Vietnam
  • (+681) Wallis and Futuna
  • (+212) Western Sahara
  • (+967) Yemen
  • (+260) Zambia
  • (+263) Zimbabwe
مرورگر شما از HTML5 پشتیبانی نمی کند.