جستجو برای:
سبد خرید 0
  • صفحه اصلی
  • کدکول اپلای
    • صفر تا صد اپلای
    • موقعیت های تحصیلی
    • موقعیت های شغلی
  • آکادمی کدکول
    • معرفی بیوانفورماتیک
    • زیست شناسی محاسباتی
    • بیوانفورماتیک ساختاری
    • وبینارها
    • معرفی کتاب
    • همکاران کدکول
  • خدمات
  • رویدادها
  • تازه های بیوانفورماتیکی
    • مقالات علمی
    • سوژه های برگزیده
    • اینفوگرافی
    • پادکست
      • پادکست ویدیویی
      • پادکست صوتی
  • درباره ما
    • معرفی کدکول
    • اعضا فعلی گروه
    • جشن دو سالگی کدکول
  • تماس با ما
    • تهران -پاسداران خیابان بوستان هشتم پلاک 120 واحد 14

      09308877635

      info@codecool.ir

      پیج اینستاگرام
      کانال تلگرام
      صفحه لینکدین
گروه زیست داده کاو کدکول
  • صفحه اصلی
  • کدکول اپلای
    • صفر تا صد اپلای
    • موقعیت های تحصیلی
    • موقعیت های شغلی
  • آکادمی کدکول
    • معرفی بیوانفورماتیک
    • زیست شناسی محاسباتی
    • بیوانفورماتیک ساختاری
    • وبینارها
    • معرفی کتاب
    • همکاران کدکول
  • خدمات
  • رویدادها
  • تازه های بیوانفورماتیکی
    • مقالات علمی
    • سوژه های برگزیده
    • اینفوگرافی
    • پادکست
      • پادکست ویدیویی
      • پادکست صوتی
  • درباره ما
    • معرفی کدکول
    • اعضا فعلی گروه
    • جشن دو سالگی کدکول
  • تماس با ما
    • تهران -پاسداران خیابان بوستان هشتم پلاک 120 واحد 14

      09308877635

      info@codecool.ir

      پیج اینستاگرام
      کانال تلگرام
      صفحه لینکدین
ورود / عضویت
0

وبلاگ

گروه زیست داده کاو کدکولاخبارتازه های بیوانفورماتیکیمقالات علمیتعیین ساختار پروتیین های نابسامان (IDP) با استفاده از روشهای نوترونی و ابرکامپیوترها

تعیین ساختار پروتیین های نابسامان (IDP) با استفاده از روشهای نوترونی و ابرکامپیوترها

23 تیر 1401
ارسال شده توسط پرهام حاجی شفیعی
مقالات علمی

دانشمندان با استفاده از ابر رایانه Titan و منبع  Sputation Neutron در آزمایشگاه ملی Oak Ridge متعلق به وزارت انرژی، دقیق ترین مدل سه بعدی از یک پروتئین ذاتاً نابسامان ایجاد کرده و مجموعه ساختارهای سطح اتمی آن را نشان داده اند.

 همانطور که از نام آن مشخص است، یک IDP مانند سایر پروتئین ها ساختار پایا و منظم ندارد، درعوض، انعطاف پذیر است و می تواند چندین ساختار سه بعدی در هر لحظه از زمان داشته باشد. عدم وجود یک ساختار منحصر به فرد برای عملکرد بیولوژیکی IDP ضروری است، اما مطالعه آن را از نظر فنی چالش برانگیز می کند.  IDP ها ممکن است یک پروتئین کامل یا یک قسمت از پروتئین ساختار یافته باشند و قطعا بخش بزرگی از پروتئین های انسانی، میکروب ها و گیاهان را تشکیل می دهند.

لوکاس پتریدیس، دانشمند سرشناس مرکز بیوفیزیک مولکولی در ORNL، هدایت تیمی از محققان را برعهده دارد تا بتوانند روش نوینی در پیشبینی مدل اینگونه بیوسیستم ها پایه گذاری کند که به راستی می تواند منجر به درک بهتری از عملکردهای بیولوژیکی آنها شود. در طی سه سال گذشته  این تیم برای آزمایش های شبیه سازی پیشرفته پراکندگی نوترون با دینامیک مولکولی (MD) ناچار به استفاده از قدرت ابر رایانه Titan شدند.

 به طور معمول ، محققان آزمایش هایی از قبیل پراکندگی نوترون با زاویه کوچک ، پراکندگی اشعه ایکس با زاویه کوچک و یا رزونانس مغناطیسی هسته ای را برای بررسی سیستمهای بیولوژیکی انعطاف پذیر انجام می دهند. با این وجود این روشها،  تصویری دقیق از سطح اتمی ساختارهای سه بعدی IDP  که به عنوان مجموعه تنظیمات آن شناخته می شود، ارائه نمی دهد. علاوه بر این، آنها فقط می توانند داده های متوسط گروه را تولید کنند و قادر به تولید داده های کانفیگوراسیون های اساسی و ویژه ساختار پروتئین نیستند. دانشمندان شبیه سازی های رایانه ای IDP را نیز انجام داده اند و آنها را با چنین آزمایش هایی مقایسه می کنند و امیدوارند نتایج مشابهی را کسب کنند تا صحت این مدل ها بررسی شود. این شبیه سازی های MD را برای تعیین نحوه حرکت پروتئین ها استفاده می کنند. مهمترین موفقیت این تیم ، اجرای بسیاری از شبیه سازی های MD به صورت موازی بر روی Titan بود و این امکان را فراهم می آورد تا شبیه سازی ها با یکدیگر ارتباط برقرار کرده و   تبادل اطلاعات داشته باشند.

برای مثال این تیم دامنه N ترمینال c-Src kinase است که یک پروتئین بزرگ سیگنالینگ در انسان است را برای مطالعه  نتخاب کرده که جهش در این پروتئین پیچیده با سرطان در ارتباط است و همین امر آن را به یک هدف مهم دارویی تبدیل می کند. دانشمندان توانستند ضمن نقشه برداری از این دامنه غیر شفاف، اطلاعات جدیدی را در مورد ساختارهای سه‌بعدی آن کشف کنند که روش های قبلی نشان نداده بودند. به عنوان مثال اگرچه این پروتیین تا حد زیادی بی نظم هستند اما ساختارهای مرتب گذرا مانند مارپیچ را تشکیل می دهد.
مدل دقیق کامپیوتر از مجموعه ساختار سه بعدی IDP ، درها را برای آزمایش های بیشتر باز می کند. به عنوان مثال ، دانشمندان می توانند اثر فسفوریلاسیون (افزودن یک گروه فسفات به پروتئین که می تواند عملکرد پروتئین را تنظیم کند) شبیه سازی کنند تا ببینند چه تغییرات ساختاری در c-Src kinase انجام می شود که می تواند عملکرد آن را تحت تأثیر قرار دهد.

برچسب ها: ابرکامپیوتر_Titanپروتئین‌های نابسامانساختار سه بعدی پروتئینشبیه‌سازی‌ دینامیک مولکولی
درباره پرهام حاجی شفیعی

فارغ التحصیل کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تربیت مدرس

نوشته‌های بیشتر از پرهام حاجی شفیعی
قبلی کرونا چهره اش را تغییر داد
بعدی دسته کننده های یک به یک ادغام شده و کاربرد آن ها در فرایند طراحی دارو در پایگاه داده های ترکیبی

دیدگاهتان را بنویسید لغو پاسخ

برای نوشتن دیدگاه باید وارد بشوید.

جستجو برای:
دسته‌ها
  • آشنایی با بیوانفورماتیک و کاربرد های آن
  • اپلای
  • ایمنی شناسی
  • بیوانفورماتیک ساختاری
  • پادکست صوتی
  • تکامل
  • چالش های علمی
  • زیست پزشکی
  • زیست شناسی سلولی
  • زیست شناسی محاسباتی
  • ژنتیک و اپی ژنتیک
  • سوژه های برگزیده
  • شبکه های زیستی
  • معرفی کتاب
  • مقالات علمی
  • موقعیت تحصیلی
  • موقعیت شغلی
  • ویدئو
برچسب‌ها
COVID-19 DNA RNA SARS-COV2 آفریقا آمار آمار زیستی آنالیز داده برنامه نویسی بیان ژن بیوانفورماتیک بیوشیمی تخیلی توالی یابی تومور تکامل جبر خطی دارو زیست شناسی زیست شناسی سامانه ای زیست شناسی محاسباتی سرطان سلول های ایمنی طراحی محاسباتی دارو علمی متابولیسم مغز مهندسی کامپیوتر میکروبیوم همه گیری هوش مصنوعی واکسن کرونا ویروس کرونا پردازش تصویر پزشکی پزشکی شخصی شده ژن ژنتیک ژنوم کدکول کرونا کووید-19 یادگیری عمیق یادگیری ماشین یووال نوح هراری
  • محبوب
  • جدید
  • دیدگاه ها

گروه زیست داده کاو کدکول، متشکل از کادري مجرب و متخصص در زمينه بيوانفورماتيک و زيست شناسي محاسباتي، رسالت خويش را آموزش و پژوهش در حوزه بيوانفورماتيک و همچنين آناليز انواع داده هاي زيستي، قرار داده است.

خبرنامه

نمادها
کلیه حقوق مادی و معنوی این اثر متعلق به گروه زیست داده کاو کدکول می باشد.
اشتراک گذاری در شبکه های اجتماعی
ارسال به ایمیل
https://codecool.ir/?p=9877
ورود به سیستم ×
کد تایید
لطفاً کد تأیید ارسال شده به آن را تایپ کنید
ارسال
رمز عبور را فراموش کرده اید؟
آیا حساب کاربری ندارید؟
ثبت نام
ارسال مجدد کد یکبار مصرف(00:120)
برگشت به صفحه ورود به سایت

ارسال مجدد کد یکبار مصرف (00:120)
برگشت به صفحه ورود به سایت
  • (+93) Afghanistan
  • (+355) Albania
  • (+213) Algeria
  • (+1) American Samoa
  • (+376) Andorra
  • (+244) Angola
  • (+1) Anguilla
  • (+1) Antigua
  • (+54) Argentina
  • (+374) Armenia
  • (+297) Aruba
  • (+61) Australia
  • (+43) Austria
  • (+994) Azerbaijan
  • (+973) Bahrain
  • (+880) Bangladesh
  • (+1) Barbados
  • (+375) Belarus
  • (+32) Belgium
  • (+501) Belize
  • (+229) Benin
  • (+1) Bermuda
  • (+975) Bhutan
  • (+591) Bolivia
  • (+599) Bonaire, Sint Eustatius and Saba
  • (+387) Bosnia and Herzegovina
  • (+267) Botswana
  • (+55) Brazil
  • (+246) British Indian Ocean Territory
  • (+1) British Virgin Islands
  • (+673) Brunei
  • (+359) Bulgaria
  • (+226) Burkina Faso
  • (+257) Burundi
  • (+855) Cambodia
  • (+237) Cameroon
  • (+1) Canada
  • (+238) Cape Verde
  • (+1) Cayman Islands
  • (+236) Central African Republic
  • (+235) Chad
  • (+56) Chile
  • (+86) China
  • (+57) Colombia
  • (+269) Comoros
  • (+682) Cook Islands
  • (+225) Côte d'Ivoire
  • (+506) Costa Rica
  • (+385) Croatia
  • (+53) Cuba
  • (+599) Curaçao
  • (+357) Cyprus
  • (+420) Czech Republic
  • (+243) Democratic Republic of the Congo
  • (+45) Denmark
  • (+253) Djibouti
  • (+1) Dominica
  • (+1) Dominican Republic
  • (+593) Ecuador
  • (+20) Egypt
  • (+503) El Salvador
  • (+240) Equatorial Guinea
  • (+291) Eritrea
  • (+372) Estonia
  • (+251) Ethiopia
  • (+500) Falkland Islands
  • (+298) Faroe Islands
  • (+691) Federated States of Micronesia
  • (+679) Fiji
  • (+358) Finland
  • (+33) France
  • (+594) French Guiana
  • (+689) French Polynesia
  • (+241) Gabon
  • (+995) Georgia
  • (+49) Germany
  • (+233) Ghana
  • (+350) Gibraltar
  • (+30) Greece
  • (+299) Greenland
  • (+1) Grenada
  • (+590) Guadeloupe
  • (+1) Guam
  • (+502) Guatemala
  • (+44) Guernsey
  • (+224) Guinea
  • (+245) Guinea-Bissau
  • (+592) Guyana
  • (+509) Haiti
  • (+504) Honduras
  • (+852) Hong Kong
  • (+36) Hungary
  • (+354) Iceland
  • (+91) India
  • (+62) Indonesia
  • (+98) Iran
  • (+964) Iraq
  • (+353) Ireland
  • (+44) Isle Of Man
  • (+972) Israel
  • (+39) Italy
  • (+1) Jamaica
  • (+81) Japan
  • (+44) Jersey
  • (+962) Jordan
  • (+7) Kazakhstan
  • (+254) Kenya
  • (+686) Kiribati
  • (+965) Kuwait
  • (+996) Kyrgyzstan
  • (+856) Laos
  • (+371) Latvia
  • (+961) Lebanon
  • (+266) Lesotho
  • (+231) Liberia
  • (+218) Libya
  • (+423) Liechtenstein
  • (+370) Lithuania
  • (+352) Luxembourg
  • (+853) Macau
  • (+389) Macedonia
  • (+261) Madagascar
  • (+265) Malawi
  • (+60) Malaysia
  • (+960) Maldives
  • (+223) Mali
  • (+356) Malta
  • (+692) Marshall Islands
  • (+596) Martinique
  • (+222) Mauritania
  • (+230) Mauritius
  • (+262) Mayotte
  • (+52) Mexico
  • (+373) Moldova
  • (+377) Monaco
  • (+976) Mongolia
  • (+382) Montenegro
  • (+1) Montserrat
  • (+212) Morocco
  • (+258) Mozambique
  • (+95) Myanmar
  • (+264) Namibia
  • (+674) Nauru
  • (+977) Nepal
  • (+31) Netherlands
  • (+687) New Caledonia
  • (+64) New Zealand
  • (+505) Nicaragua
  • (+227) Niger
  • (+234) Nigeria
  • (+683) Niue
  • (+672) Norfolk Island
  • (+850) North Korea
  • (+1) Northern Mariana Islands
  • (+47) Norway
  • (+968) Oman
  • (+92) Pakistan
  • (+680) Palau
  • (+970) Palestine
  • (+507) Panama
  • (+675) Papua New Guinea
  • (+595) Paraguay
  • (+51) Peru
  • (+63) Philippines
  • (+48) Poland
  • (+351) Portugal
  • (+1) Puerto Rico
  • (+974) Qatar
  • (+242) Republic of the Congo
  • (+40) Romania
  • (+262) Runion
  • (+7) Russia
  • (+250) Rwanda
  • (+290) Saint Helena
  • (+1) Saint Kitts and Nevis
  • (+508) Saint Pierre and Miquelon
  • (+1) Saint Vincent and the Grenadines
  • (+685) Samoa
  • (+378) San Marino
  • (+239) Sao Tome and Principe
  • (+966) Saudi Arabia
  • (+221) Senegal
  • (+381) Serbia
  • (+248) Seychelles
  • (+232) Sierra Leone
  • (+65) Singapore
  • (+1) Sint Maarten
  • (+421) Slovakia
  • (+386) Slovenia
  • (+677) Solomon Islands
  • (+252) Somalia
  • (+27) South Africa
  • (+82) South Korea
  • (+211) South Sudan
  • (+34) Spain
  • (+94) Sri Lanka
  • (+1) St. Lucia
  • (+249) Sudan
  • (+597) Suriname
  • (+268) Swaziland
  • (+46) Sweden
  • (+41) Switzerland
  • (+963) Syria
  • (+886) Taiwan
  • (+992) Tajikistan
  • (+255) Tanzania
  • (+66) Thailand
  • (+1) The Bahamas
  • (+220) The Gambia
  • (+670) Timor-Leste
  • (+228) Togo
  • (+690) Tokelau
  • (+676) Tonga
  • (+1) Trinidad and Tobago
  • (+216) Tunisia
  • (+90) Turkey
  • (+993) Turkmenistan
  • (+1) Turks and Caicos Islands
  • (+688) Tuvalu
  • (+1) U.S. Virgin Islands
  • (+256) Uganda
  • (+380) Ukraine
  • (+971) United Arab Emirates
  • (+44) United Kingdom
  • (+1) United States
  • (+598) Uruguay
  • (+998) Uzbekistan
  • (+678) Vanuatu
  • (+58) Venezuela
  • (+84) Vietnam
  • (+681) Wallis and Futuna
  • (+212) Western Sahara
  • (+967) Yemen
  • (+260) Zambia
  • (+263) Zimbabwe
مرورگر شما از HTML5 پشتیبانی نمی کند.