واحدهای عملکردی اساسی به واسطه مجموعه ای از میانکنش های فیزیکی پروتئین ها  تشکیل می شوند که تقریباً تمام فرایندهای بیولوژیکی درون سلول ها را هدایت می کنند. 
بنابراین بازسازی دقیق شبکه های میانکنش پروتئین ها نه تنها برای درک اجزا این پیچیدگی ها بلکه برای سازمان دهی سطح بالاتر درون سلول ها نیز مهم است. 

پیشرفت های چند سال اخیر ، به ویژه استفاده از تکنیک های پروتئومیکس، امکان بررسی بخش های قابل توجهی از میانکنش های پروتئینی از ارگانیسمهای نمونه از جمله Arabidopsis thaliana ، Caenorhabditis elegans ، Drosophila melanogaster (مگس میوه) و Saccharomyces cerevisiae (مخمر) را فراهم کرده است.

 این مجموعه داده های میانکنش، امکان بررسی سیستماتیک شناسایی و مطالعه شبکه های میانکنش پروتئینی موجودات را فراهم کرده است. 

روش های محاسباتی نقش مهمی در تجزیه و تحلیل دقیق ، کارآمد و جامع این داده ها بازی می کنند.

 این روش ها برای جبران برخی از محدودیت های مجموعه داده های تجربی از جمله وجود نویزهای بیولوژیکی- تکنیکی و کمبود نسبی میانکنش های معتبر استفاده شده است.

در این کتاب ، برای شناسایی میانکنش های  پروتئینی از شبکه های میانکنش پروتئین-پروتئین (PPI) ، استفاده می شود. طبقه بندی مفصلی از این روش ها ارائه داده شده و آنها را برای شناسایی کمپلکس های پروتئینی در سناریوهای مختلف از جمله عدم وجود بسیاری از میانکنش های واقعی و وجود میانکنش های مثبت کاذب (نویز) در شبکه های PPI به طور جامع ارزیابی کرده است.  بر اساس این ارزیابی ، چالش های پیش روی روش ها برجسته شده است.

نویسنده: سریگانش سریهاری، چرن هان یونگ، لیموسون ونگ

انتشارات: ACM
تاریخ انتشار اولین نسخه: 2018

اطلاعات بیشتر در مورد این کتاب: