ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.

این ابزار در ابتدا برای خوشه‌بندی رشته‌های پروتئینی توسعه یافت تا پایگاه‌داده‌های مرجعی از رشته‌های غیر تکراری ایجاد کند و در ادامه برای پشتیبانی از رشته‌های نوکلئوتیدی و مقایسه دو مجموعه داده با هم گسترش یافت. وب‌سرور آن در سال 2009 ایجاد شد که به کاربران این امکان را می‌دهد که به راحتی و بدون استفاده از command-line از این ابزار بهره برند. در حال حاضر CD-HIT شامل بخش‌های بسیار متنوعی می‌شود که به کمک پژوهشگران آمده‌اند. از جمله این بخش‌ها می‌توان به لیست زیر اشاره کرد.

  • cd-hit: Cluster peptide sequences
  • cd-hit-est: Cluster nucleotide sequences
  • cd-hit-2d: Compare 2 peptide databases
  • cd-hit-est-2d: Compare 2 nucleotide databases
  • psi-cd-hit: Cluster proteins at <40% cutoff
  • cd-hit Web server: Cluster user-uploaded data
  • cd-hit-para: Cluster sequences in parallel on a computer cluster
  • scripts: Parse results and so on
  • h-cd-hit: Hierarchical clustering

در این سری از ویدیوها این ابزار بسیار معروف و پرکاربرد معرفی شده و تلاش بر این بوده که کار با وب سرور این ابزار به شما آموزش داده شود

جلسه اول
جلسه دوم
جلسه سوم
مشاهده بیشتر

نظرات

متوسط امتیازات

0
بدون امتیاز 0 رای
رایگان!
0 نقد و بررسی

جزئیات امتیازات

5 ستاره
0
4 ستاره
0
3 ستاره
0
2 ستاره
0
1 ستاره
0

نقد و بررسی‌ها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

.فقط مشتریانی که این محصول را خریداری کرده اند و وارد سیستم شده اند میتوانند برای این محصول دیدگاه(نظر) ارسال کنند.