ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.
این ابزار در ابتدا برای خوشه‌بندی رشته‌های پروتئینی توسعه یافت تا پایگاه‌داده‌های مرجعی از رشته‌های غیر تکراری ایجاد کند و در ادامه برای پشتیبانی از رشته‌های نوکلئوتیدی و مقایسه دو مجموعه داده با هم گسترش یافت. وب‌سرور آن در سال 2009 ایجاد شد که به کاربران این امکان را می‌دهد که به راحتی و بدون استفاده از command-line از این ابزار بهره برند. در حال حاضر CD-HIT شامل بخش‌های بسیار متنوعی می‌شود که به کمک پژوهشگران آمده‌اند. از جمله این بخش‌ها می‌توان به لیست زیر اشاره کرد.
- cd-hit: Cluster peptide sequences
- cd-hit-est: Cluster nucleotide sequences
- cd-hit-2d: Compare 2 peptide databases
- cd-hit-est-2d: Compare 2 nucleotide databases
- psi-cd-hit: Cluster proteins at <40% cutoff
- cd-hit Web server: Cluster user-uploaded data
- cd-hit-para: Cluster sequences in parallel on a computer cluster
- scripts: Parse results and so on
- h-cd-hit: Hierarchical clustering
در این سری از ویدیوها این ابزار بسیار معروف و پرکاربرد معرفی شده و تلاش بر این بوده که کار با وب سرور این ابزار به شما آموزش داده شود
جلسه اول
جلسه دوم
جلسه سوم
موارد مرتبط
آنالیز شبکه‌های زیستی وزن دار با استفاده از پکیج WGCNA
آنالیز شبکه های همبستگی به عنوان یک روش زیست شناسی سامانه ای کاربرد بسیاری در حوزه بیوانفورماتیک از جمله آنالیز شبکه های هم بیانی ژن دارد.
نظرات
.فقط مشتریانی که این محصول را خریداری کرده اند و وارد سیستم شده اند میتوانند برای این محصول دیدگاه(نظر) ارسال کنند.
قیمت رایگان!
فارغ التحصیل کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تربیت مدرس
آموزش کاربردی CD-HIT
ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.
نقد و بررسی‌ها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.