ابزار SWISS MODEL: مدل سازی همسانی ساختار پروتئینی و کمپلکس آنها

 

مدل سازی همسانی  به یک روش مهم در زیست شناسی ساختاری تبدیل شده است که به طور قابل توجهی موجب کاهش فاصله میان ساختار اول پروتئین(توالی پروتئین شناخته شده) و ساختار سوم پروتئین شده است.

 

 

گردش کار و سرورهای کاملا اتوماتیک موجب  ساده سازی فرایند مدل سازی شده است، همچنین کاربران بدون تخصص خاص محاسباتی قادر اند مدل های پروتئینی قابل اطمینان تولید کنند و به راحتی به نتایج مدل سازی، تجسم و تفسیر آنها دسترسی داشته باشند.

 

در این مقاله سعی شده به روز رسانی های سرور SWISS MODEL که 25 سال پیش در زمینه مدل سازی خودکار شروع به کار و پیوسته توسعه یافته  توضیح داده  شود.

 

 

به تازگی،  قابلیت مدل سازی کمپلکس های دارایی چند زیر واحد مشابه یا غیر مشابه نیز به این ابزار افزوده شده است. با شروع از توالی اسید آمینه پروتئین های میان کنش کننده، هم استوکیومتری و  هم ساختار کلی مجموعه میان کنش کننده با استفاده از مدل سازی همولوگ مطرح می شوند. 

 

علاوه بر آن سایر پیشرفت های عمده این ابزار شامل اجرای یک موتور مدل سازی ( ProMod3) و معرفی یک روش ارزیابی کیفی جدید ( QMEANDisCo) است. SWISS-MODEL به صورت رایگان در دسترس همگان می باشد.