ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.
این ابزار در ابتدا برای خوشه‌بندی رشته‌های پروتئینی توسعه یافت تا پایگاه‌داده‌های مرجعی از رشته‌های غیر تکراری ایجاد کند و در ادامه برای پشتیبانی از رشته‌های نوکلئوتیدی و مقایسه دو مجموعه داده با هم گسترش یافت. وب‌سرور آن در سال 2009 ایجاد شد که به کاربران این امکان را می‌دهد که به راحتی و بدون استفاده از command-line از این ابزار بهره برند. در حال حاضر CD-HIT شامل بخش‌های بسیار متنوعی می‌شود که به کمک پژوهشگران آمده‌اند. از جمله این بخش‌ها می‌توان به لیست زیر اشاره کرد.
- cd-hit: Cluster peptide sequences
- cd-hit-est: Cluster nucleotide sequences
- cd-hit-2d: Compare 2 peptide databases
- cd-hit-est-2d: Compare 2 nucleotide databases
- psi-cd-hit: Cluster proteins at <40% cutoff
- cd-hit Web server: Cluster user-uploaded data
- cd-hit-para: Cluster sequences in parallel on a computer cluster
- scripts: Parse results and so on
- h-cd-hit: Hierarchical clustering
در این سری از ویدیوها این ابزار بسیار معروف و پرکاربرد معرفی شده و تلاش بر این بوده که کار با وب سرور این ابزار به شما آموزش داده شود
جلسه اول
جلسه دوم
جلسه سوم
موارد مرتبط
نظرات
1 دیدگاه برای آموزش کاربردی CD-HIT
.فقط مشتریانی که این محصول را خریداری کرده اند و وارد سیستم شده اند میتوانند برای این محصول دیدگاه(نظر) ارسال کنند.
قیمت رایگان!
فارغ التحصیل کارشناسی ارشد رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تربیت مدرس
آموزش کاربردی CD-HIT
ابزارCD-HIT به پژوهشگران کمک میکند تا هزینه محاسباتی آنالیزهای خود را به شدت کاهش داده، بسیار سریع بوده و می‌تواند پایگاه‌داده های بزرگ را نیز پردازش کند. از اهداف آن فهمیدن ساختار داده‌ها و حذف bias درون داده‌ها است.
زهرا نوروزخانی(خریدار محصول)
خیلی ممنون از آموزش عالی شما خیلی استفاده کردم براتون آرزوی موفقیت دارم
ممنون میشم اگر ابزارهای مشابه CD-HIT موجود هست بهم معرفی کنید(چه وب سرور چه با سیستم عامل لینوکس)، چون مدتی هست که وب سرور UCSD هم از دسترس خارج شده است.